撰文
冰拿铁
#肿瘤#
年9月12日，CancerCell发表了题为SpatialTranscriptomics的Voices文章，重点讨论了肿瘤空间组学领域的前沿科学问题。
破译空间之道
AnaC.Anderson（哈佛医学院教授、Broad研究所教授）
单细胞转录组测术的实现了肿瘤复杂结构的系统解析，其衍生的细胞图谱不仅发现了肿瘤微环境的诸多细胞类型，并且解析了其细胞状态异质性。尤其对于免疫细胞来说，单细胞转录组加深了我们对CD8+T细胞状态的本质属性。然而，这些细胞的空间特性仍是空白。随着空间转录组学的飞速发展，系统探索CD8+T细胞状态的细胞交叉互作网络和复杂高维的多细胞通信枢纽成为了可能。当前数据表明，干细胞样、Effector和DysfunctionalCD8+T细胞位于肿瘤niche中，它们与抗原呈递细胞的相互作用可能决定它们的功能特性。空间组学将有效解析干细胞样CD8+T细胞，并探索其和免疫治疗的关系。但这领域还面临诸多挑战：成本较高、计算Pipeline仍不成熟等。克服这些问题将有望开辟下一代肿瘤治疗策略。
从“N=1”到“N=1,”
ItaiYanai（纽约大学计算医学研究所所长）
肿瘤微环境的细胞构成极其复杂（如肿瘤细胞不同状态、免疫细胞类型/状态的同质性和异质性）。肿瘤进展的过程受到不同细胞类型的精密调控，暗示了其空间结构之重要。空间转录组学可精确定量RNA的时空异质性，已逐渐成为研究肿瘤生物学研究的有力武器。从微观上说，每个肿瘤都有自己独特的遗传学和形态学特征（“N=1”），但空间转录组学可研究肿瘤细胞“邻域”结构（即“N=1,”）。因此，空间组学可产生大量数据以有助于探索肿瘤的空间结构。针对肿瘤邻域的测序可进一步将癌细胞状态与微环境的特定细胞类型相关联。我们课题组的数据表明，炎症状态的成纤维细胞可引发癌细胞“Stress”状态的改变。更多后续工作需要探索肿瘤-宿主相互作用、细胞状态的遗传性及肿瘤细胞的空间功能。随着空间组学和其他组学的系统结合，其必将产生肿瘤生物学的新“洞见”和新范式。
绘制肿瘤克隆进化的“肖像”
LucyR.Yates（英国剑桥大学Well
