在分析染色体和质粒的基因序列之前，我们首先需要知道他们之间的区别。
质粒是一种大小在1kb-1Mb不等的环状DNA分子，独立于细菌染色体之外，并且具有自我复制能力。
大部分的质粒都是环状的，也存在线性的质粒。质粒中的基因数相对要少于染色体的基因数。
质粒与染色体最主要的区分是：质粒不是细胞生存所必需，染色体则是细胞生存必需的。质粒并非细菌生存所必不可少的遗传物质。细菌如果失去染色体，就不能生存；细菌失去质粒后仍能生存。
这是由于染色体DNA携带的基因所编码的产物，在细菌新陈代谢中是生存所必须者；而质粒携带的基因所编码的产物并非细菌的生存所必须者。因此质粒可以在细菌间传递与丢失。
根据质粒在细菌内的复制类型可分为两类：严紧控制型和松弛控制型。
严紧控制复制型质粒的复制酶系与染色体DNA复制共用，只能在细胞周期的一定阶段进行复制，当细胞染色体停止复制时，质粒也就不再复制。
松弛控制复制型的质粒的复制酶系不受染色体DNA复制酶系的影响，在整个细胞生长周期中随时都可以复制，在染色体复制已经停止时质粒仍能继续复制。
根据质粒能否通过细菌的接合作用，可分为接合性质粒和非接合性质粒。
接合性质粒带有与接合传递有关的基因。非接合质粒在一定条件下通过与其共存的接合质粒的诱动或转导而传递。
年，世界上首对体细胞克隆猴“中中”“华华”诞生
质粒虽然是微生物细胞中很微小的组分，但是在生物学的发展中具有十分重要的作用，它是分子克隆的重要载体。随着克隆技术的不断发展，人工构建的质粒DNA序列的克隆、扩增、表达及保存得到了广泛的应用。
