近期有很多客户对蛋白亚细胞定位比较感兴趣,今天就由小美来为大家介绍一下蛋白亚细胞定位相关内容,希望今天的介绍能够让大家对蛋白亚细胞定位有更深入的了解,在软件选择方面不再迷茫。
蛋白亚细胞定位简介
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蛋白在原生质体中合成,而新合成的蛋白必须要运输到细胞的特定位置才会发挥其作用。蛋白的亚细胞定位注释信息可以为科研工作者们对蛋白的功能分析,蛋白互作等提供参考与支持。研究未知蛋白生物学功能的第一步通常便是获得其亚细胞定位信息,亚细胞定位在细胞分子生物学,蛋白质组学,系统生物学,药物开发,药物化学等领域研究中具有十分重要的作用。
蛋白分布在细胞中的各个位置,其中蛋白丰度高,种类丰富的研究比较深入。定位注释结果准确的区域有细胞核,原生质体,线粒体,内质网等,植物还有叶绿体和液泡。而对于定位在细胞膜,分泌蛋白或者定位在多个区域的蛋白来说,其亚细胞定位预测信息一般准确性较低。
蛋白亚细胞定位主要有两种方法,第一种是结果准确但费时费力的实验验证方法,如荧光蛋白标记与Western/SDS-PAGE等;第二种方法是通过生物信息学手段,借助计算机对蛋白的亚细胞定位信息进行预测,这种方法可以在短时间获得大量蛋白的预测信息,而我们今天介绍的是便是第二种方法。目前常用的亚细胞定位分析软件主要采用三种分析策略:N端排序或信号分子序列分析;氨基酸序列组成分析;结合多种策略(N端信号序列,氨基酸序列组成,功能域,相似度,GO分类)的分析。
常用分析软件
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今天向大家推荐六款亚细胞定位注释的常用分析软件,并以Cell-PLoc为例介绍其网页操作步骤。
六种常用亚细胞定位注释分析网站: