细菌和病毒是我们最熟知的微生物，都能引起人类的疾病。除了其生物学分界的不同外（细菌一般归入原核生物界、病毒单独为病毒界），其体量大小不同是一个非常重要的特征。细菌大小的计量单位一般是几个微米（um）；病毒大小的剂量单位一般是几十纳米（nm）；两者相差倍左右。
这个体量大小不同，造成两者的结构复杂性有质的区别，也造成免疫学上的重要差异。对于病毒，其全部成分可能只能构成几十个抗原（抗原是指能够引起人体免疫系统反应的物质）；细菌则外有细胞壁和细胞膜（有些细菌还有菌毛和荚膜），内有很多蛋白和核酸；这些成分一起可构成几千个抗原。在细菌的诸多抗原中找出真正能做成疫苗的抗原，其难度比病毒大。
还有一类疾病——寄生虫病（比如疟疾和蛔虫病），其虫体的体量就更大了，其抗原复杂度更高，目前为止还没有效果很好的寄生虫病疫苗。根据我收集到的疫苗信息，目前细菌类疫苗共能预防9种疾病，病毒类疫苗能预防15种疾病。当然，造成细菌类疫苗少于病毒类疫苗的原因，除了疫苗制造难度外，可能还有另一个重要原因：细菌性疾病可以通过抗生素来治疗，但抗生素对病毒性疾病无效，病毒性疾病通常只能通过支持治疗和人体自身免疫力来恢复，所以病毒类疾病的预防更加重要。寄生虫病发病率不高，疫苗研究难度大，一般也有特效药可以治疗，所以其疫苗研究进展缓慢。
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