产品介绍
TCR/BCR为T/B淋巴细胞表面的特征性标志，作用是识别抗原。细胞发育过程中存在复杂的V(D)J重排机制，导致TCR/BCR基因序列多样性极为丰富，这些序列多样性的集合称为免疫组库（ImmuneRepertoire，IR）。
基迪奥10xGenomics单细胞V(D)J测序，基于微流体平台，特异性提取富集TCR/BCR区域RNA，通过比对、拼接、筛选、注释等对单个细胞进行免疫组库构建，分析得到TCR/BCR多样性序列，从而以高通量、高分辨率获得细胞群体的免疫特征。
图1TCR/BCR结构与V(D)J重排
技术优势
1
一次测序可检测八个样本，一个样品可进行-个细胞分析
实验周期短，7min内可完成上万细胞的封装
3
针对TCR/BCR的全长V(D)J序列进行测序
4
可获得单细胞的配对TCRα/β和BCR重链/轻链信息
应用领域
1
肿瘤免疫微环境变化
免疫疗法
3
自身免疫性疾病和炎症性疾病
4
传染性疾病和疫苗研发
5
移植和免疫重建
样本要求
1
细胞类型：新鲜细胞悬液（人或鼠）
样本来源：流式分选、磁珠富集、组织解离、新鲜外周血、冻存细胞
3
细胞活性：活细胞数在90%以上
3
保存运输：为了减少样品寄送对细胞造成的损失与损伤，基迪奥提供上门服务
生物信息分析
1
比对与注释
Clonotype分型
3
特征分析
1
CDR3特征分析
V/J基因特征分析
3
V-Jpaired特征分析
4
多样本分析
1
样本间Clonotypes比较
OverlappingClonotype聚类分析
3
OverlappingClonotype差异分析
研究策略推荐
利用10XGenomics平台标记cDNA后，可以根据不同的研究目的进行文库选择：5’基因表达文库、TCR的V(D)J文库、BCR的V(D)J文库。
将cDNA分成份，同时进行TCR/BCR的V(D)J测序和5’单细胞转录本测序，获得每个细胞5’基因表达数据和V(D)J全长序列，随后基于两种数据库进行细胞亚群聚类、亚群表达特征、标记分子筛选等分析。
图TheChromiumSingleCellImmuneProfilingSolution流程
部分分析内容
图3Clonotype丰度分布
图4CDR3氨基酸序列长度分布
图5V/J基因表达聚类热图
图6V-Jpaired频率Circos图
Tips:
对单细胞转录组测序感兴趣的老师和同学可留言咨询，基迪奥生物有丰富的项目经验，提供专业的解决方案和一对一的个性化分析服务，技术团队会携带仪器上门服务！
今天的内容就到这里啦~
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