细菌和病毒有很大的不同，包括相对大小，繁殖方式及抵制医疗干预的方式等。
细菌是一种单细胞生物体，有完整的核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）基因序列，病毒只不过是被蛋白质外壳覆盖的RNA或DNA的一部分，因此，细菌至少比典型的病毒大一百倍。
病毒和细菌一个最大区别是繁殖方式，细菌是完全独立并且自生的单元，在适当时候，细菌能将DNA和RNA遗传物质一分为二，围绕这两个新细胞会分别构建细胞壁，并且该过程能持续进行，直到形成成千上万个细菌，这也是地球上几乎所有环境中都存在细菌的原因所在。
病毒在没有宿主的情况下不能繁殖，病毒可以潜伏数千年，然后接触到合适的宿主，一旦进入宿主体内，病毒会用与腿类似的附属物钳住细胞，并用刺状物或化学涂层穿透细胞壁。病毒进入活细胞后，会用其自身的遗传指令替代原有的细胞DNA或RNA指令，这些指令通常是尽可能多的制造病毒副本，一旦个体细胞失去效用，会爆炸并向未察觉的细胞发生数千份原始病毒副本。
在已知细菌中，99%对人类有益或至少无害，它们每天都在分解有机物并摧毁有害寄生虫，只有一小部分细菌被认为对人体有害，如链球菌、大肠杆菌等。
细菌以人体组织为食，并排出毒素和酸，正是这些毒素和酸性刺激物导致许多与细菌感染有关的问题，如果细菌能被抗生素杀死，留下的感染就会迅速清除。
而大多数的病毒并没有好处，它们唯一的使命就是产生更多病毒，以确保种群存活，病毒对宿主的致命影响仅仅是偶然的。
相对来说，病毒不被视为活物，它们不能像抗生素杀死细菌一样被杀死，实际上，治疗病毒感染通常不是治疗，疾病必须走完其过程，直到身体自身成功抵御它为止，当然也存在抗病毒治疗，工作原理是阻断病毒自身的破坏性方法。
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