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手把手教你搞定CRISPRCas9系统操

发布时间:2017-11-2 13:52:53   点击数:

今天我们邀请冰糖来介绍lentiCRISPRv2应用指南。

lentiCRISPRv2说明

克隆gDNA使用BsmBI位点,载体可以切出一个~1.9kb的filler片段,便于confirm酶切成功并利于载体回收。

BsmBI的位点如图所示,酶切之后不需要CIP脱磷也不会自连。

Cas9的COOH端带有FLAGtag,可以WB或者Immunostaining。

EFSpromoter被优化的小而强,极大提高了慢病毒包装的效率。

载体带有Puromycin抗性,可以富集转染/感染成功的细胞。

参考文献:

Improvedvectorsandgenome-widelibrariesforCRISPRscreening.SanjanaNE,ShalemO,ZhangF.NatMethods.Aug;11(8):-4.doi:10./nmeth..10./nmeth.PubMed

gDNA设计说明

gDNA设计方法和原则请查看「CRISPR/Cas9系统操作指南一」。请加颜值担当菌菌,。注明protocol就会给到你《CRISPR/Cas9系统操作指南一》。

对于lentiCRISPRv2克隆,其合成的oligo末端和pX不同,请注意设计。

举个例子说明(千万注意oligo的方向)

载体克隆说明

Backbone的酶切体系与文章「CRISPR/Cas9系统操作指南一」一样,不脱磷处理参考图1中的操作,脱磷处理参考图2中的操作。

Oligo的退火条件也与文章「CRISPR/Cas9系统操作指南一」一样。

注意:如果载体不脱磷,oligo不需要磷酸化;载体脱磷参考图2(FengZhang提供的protocol,设计脱磷,可以参考),oligo就需要加磷处理。

图1

图2

病毒包装体系

包装病毒使用的包装体系如下(formmdish,6xT)

4μglentiCRISPRv2-gDNAplasmid3μg

psPAX2packagingplasmid

2μgpMD2.Genvelopeplasmid

转染条件:用细胞转染试剂lipofiter。DNA:lipofiter=1μg:2.5μL

收集48h和72h病毒上清,待用。

此处病毒包装的protocol没有列出,如果想看,请加颜值担当菌菌,。注明protocol就会给到你《CRISPR/Cas9系统操作指南一》。

目的细胞系的感染

转染(2μgplasmid/60mmdish,细胞密度60~80%)

感染(1~5mL病毒上清)

KO单克隆的获取

有限稀释法:50~cells均匀分到96-wellplate

单克隆挑取法

KO单克隆的鉴定

直接测序或者T7E1或者酶切鉴定:鼠尾直接PCR试剂盒(快速基因型鉴定),直接取细胞进行PCR,然后测序或者做T7E1或者酶切鉴定即可。

测序看套峰

T7E1assay

酶切鉴定

WB鉴定

如果抗体好用,直接用Dotblot也很快,通量高。

文章来源:文章由冰糖授权

图片来源:网络及冰糖提供

关于CRISPR,都有哪些核心文献呢?请回复CRISPR,霸霸已经下载好,统一给到大家哦。

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